El edificio del museo inicialmente fue sede del Colegio Máximo de la Compañía de Jesús y desde la primera mitad del siglo XVIII de la Pontificia Universidad Javeriana. Las colecciones que se preservan procedían en su mayoría de las colecciones privadas que poseía la alta sociedad bogotana. En general, el museo posee 1922 piezas como pinturas, textiles, objetos de platería, impresos, documentos, manuscritos, mobiliario, escultura y pintura de caballete. Entre los artistas que sobresalen en el Museo Colonial está Gregorio Vásquez de Arce y Ceballos.